Eröffnet hat das Deutsche Spionagemuseum unter dem Namen Spy Museum Berlin im September 2015. Die Geschichte des Museums beginnt aber schon im Jahr 2004 an der Glienicker Brücke. Hier, an der Grenze zwischen Berlin und Potsdam, verlief bis 1989 die Berliner Mauer. 1962 und zweimal in den 80er-Jahren wurden an dieser Stelle Agenten aus Ost und West gegeneinander ausgetauscht. Kaum ein Name in der Hauptstadt der Spione ist enger mit dem Thema verbunden als die Agentenbrücke.
Der Journalist Franz-Michael Günther entwickelt ein erstes Konzept für ein Spy Museum in der Villa Schöningen auf der Potsdamer Seite der Brücke. Der Standort zerschlug sich, aber das Thema Spionage lässt Günther, der schon zu DDR-Zeiten Schwierigkeiten mit der Staatssicherheit hatte, nicht mehr los.
Während Franz-Michael Günther in der Folge eine einzigartige Sammlung zum Thema Spionage aufbaut und mit führenden Forschern und Zeitzeugen das Konzept verfeinert, sind immer wieder neue Orte in der Mitte Berlins für das Spionagemuseum unter dem Namen Spy Museum Berlin im Gespräch; darunter die berühmten Hackeschen Höfe, das Forum Museumsinsel und das Prinzessinnenpalais Unter den Linden.
2014 setzt sich der Leipziger Platz als Standort durch, ein historisch bedeutender Ort in der Mitte Berlins, an dem einst die Berliner Mauer die Stadt teilte. In unmittelbarer Umgebung liegen Bundesrat, Martin-Gropius-Bau, Topgraphie des Terrors und das Kulturforum mit Philharmonie und Neuer Nationalgalerie. Das Brandenburger Tor als historische Wegmarke Berlins ist nur 800 Meter entfernt.
Am achteckigen Leipziger Platz, der direkt neben dem berühmten Potsdamer Platz liegt, beginnen die Bauarbeiten für das Spy Museum Berlin. Das Museumsgebäude wurde ursprünglich als Berliner Sitz eines Logistikunternehmens gebaut und muss aufwändig für die Zwecke eines Museums umgebaut werden.
Am 19. September 2015, mehr als 10 Jahre nach der ersten Idee, kann Günther sein Museum als Spy Museum Berlin eröffnen. Die multimediale Hightech-Ausstellung verbunden mit den seltenen und außergewöhnlichen Exponaten beeindruckt die ersten Besucher vor Ort in Berlin und findet mediale Aufmerksamkeit auf der ganzen Welt.
Das private Spy Museum Berlin wurde dabei ohne jegliche Steuergelder finanziert. In den ersten Monaten kommt es zu einem finanziellen Engpass im Museumsbetrieb, der durch einen Betreiberwechsel im Juli 2016 gelöst werden kann.
Am 29. Juli 2016 wird das frühere Spy Museum Berlin als Deutsches Spionagemuseum neu eröffnet. In diesem Zuge werden der Außenauftritt neu konzipiert und die Eintrittspreise gesenkt. Das Haus am Leipziger Platz 9 widmet sich seitdem verstärkt seinem Bildungsauftrag, überarbeitet die Dauerausstellung und baut sein Veranstaltungsprogramm aus.